在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时，在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧…

针对警察的连续杀人案件发生了，连续有两位东京警视厅的警察遇害了。柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙去追踪凶手，但凶手逃脱了。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛…

在一个大雨滂沱的日子里，武术家早乙女玄马带着儿子乱马来到了同门天道早云的道场，然而擅自被父亲指婚给乱马的天道茜却惊奇的发现，乱马是个有着奇异体质的男孩原来是他父亲不懂中文去错地方而造成的. 然而，有着同样不幸遭遇的并不止乱马一人响良牙、珊璞、沐丝、潘斯特太郎（连裤袜太郎），哈布……这些人在命运的安排下先后出现在乱马面前，…