在一千年前，人类和恶灵互相战斗着人类借着圣兽的帮忙，远古的百兽战士大神月磨击败了奥鲁古的领袖，而且封印了他现在，奥鲁古开始复苏，五个年轻人被圣兽认定他们一定要放弃他们的现在生命而变成新一代的牙吠连者保护地球的生活。

接续前作《哥吉拉X机械哥吉拉》的故事，一年前与哥吉拉的决战，机龙受损程度37%，失去了右腕及终极武器——绝对零度炮维修组员中条义人在八王子基地负责修复机龙的工作某日中条在他叔叔信一的别墅家渡假时，婴儿岛的小美人精灵竟然出现在他们眼前。小美人给他们一个忠告：人类用哥吉拉骸骨制造出机龙是个严重的错误，如果出动机龙，摩斯拉就会变…

詐欺などの知能犯罪を扱う警視庁捜査二課の捜査員、西加音子（真矢ミキ）は超節約主婦。少し気が弱いが優しい夫の武雄（村田雄浩）と二人で暮らしている。ある日、いつものようにスーパーでタイムセールを終えた帰路で、武雄と見知らぬ若い女がカフェで会っているのを見かける。動揺した加音子が自宅に帰ってきた武雄を問い詰めると、その女性は…