酒会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。某天，新一和自己青梅竹马的同班同学毛利兰相约到游乐场游玩时，意外的在云霄飞车上遇到了杀人事件，在新一的推理下，很快协助警方破了这个案子。不过，这时有两个黑衣人的身影进入了新一的视线……

故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害…

正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。与此同时，那场连续…

工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五…

纽约崩坏后，一夜之间便架构成“赫尔沙雷姆兹·罗特”这个城市。在连系着异世界与现世界的这个魔都里，有个为了保持世界的平衡而在暗地里非常活跃的组织——秘密结社莱布拉！！少年雷欧在一连串的巧合下，加入莱布拉，他身上所隐藏的秘密将会对莱布拉造成什么影响…！？

在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现了一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。

主角埼玉正为找不到工作而发愁，在街上遇到了怪人为非作歹，就拼命打倒了怪人。由此埼玉开始努力锻炼，甚至头发因此掉光，最终成为了“最强的英雄”。但由于这种力量过于强大，使得埼玉往往不怎么出手便能解决怪兽，但他总感到深深的虚无感。有一天，名为杰诺的青年目睹了其英姿，并拜埼玉为师，从此将埼玉带入了立场和思维交锋的英雄的世界。

阳光明媚的一天，柯南、小兰以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服部平次和远山和叶。就在比赛进行中途，一封爆炸预告信送到电视台，警方迅速行动起来组织疏散。疏散一半时，爆炸突然发生，结果平次与和叶被困在建筑物中。而在一连串的混乱过后，一…

终于，所有手表集齐，那一刻到来了……王者的诞生，背后隐藏着巨大的阴谋。神秘的组织突然出现，他们自称为历史的管理者。身份立场的转变，跨越时间的旅行，亲密好友的背叛……庄吾、盖茨、月读、沃兹该何去何从？而他们的所作所为，与未来紧密相关！世界会开始崩溃吗？平成时代会被推翻重来吗？最大的谜题将会揭开！

终于，所有手表集齐，那一刻到来了……王者的诞生，背后隐藏着巨大的阴谋。神秘的组织突然出现，他们自称为历史的管理者。身份立场的转变，跨越时间的旅行，亲密好友的背叛……庄吾、盖茨、月读、沃兹该何去何从？而他们的所作所为，与未来紧密相关！世界会开始崩溃吗？平成时代会被推翻重来吗？最大的谜题将会揭开！